中國醫學科學院/北京協和醫學院科研實力雄厚，醫學科研包括基礎醫學、臨床醫學、預防醫學、藥物以及與醫藥學有關的生物、物理、化學等相關學科，覆蓋了醫學科學各領域。
院校擁有5個國家級重點實驗室、10個部委級重點實驗室、17個國家級研究基地和中心、6個博士后科研流動站以及10個世界衛生組織合作中心。“十五”期間，承擔各類科研項目共計4639項，其中承擔國家級科研項目2869項，占項目總數的61.8%；累計獲科研項目資助額達7.8億。“十一五”初期（2006年）新中標課題經費達4.2億；累計獲各類科技獎勵成果209項，其中國家科技進步一等獎1項、國家科技進步二等獎20項、國家自然科學二等獎3項；累計獲準專利168項，獲新藥證書81項（其中一類新藥證書9項）；發表SCI論文1888篇，位居全國醫學院校之首。
院校下屬研究所院校擁有一大批在醫學衛生領域內經驗豐富、學術水平較高并做出杰出貢獻的著名專家、教授。現有中國科學院院士11人和中國工程院院士15人（其中1人兼兩院院士），國家級和部委級有突出貢獻的中青年專家77人，教育部“長江學者獎勵計劃”特聘教授9人，院校特聘教授11人，博士生導師320人，碩士生導師538人。
院校圖書館藏書豐富、歷史悠久，目前藏書量超過86萬冊，為教學、科研和醫療工作提供了寶貴的資料。2000年被指定為國家科技圖書文獻中心醫學分中心。院校的科研實力雄厚，醫學科研包括基礎醫學、臨床醫學、預防醫學、藥物以及與醫藥學有關的生物、物理、化學等相關學科，覆蓋了醫學科學各領域。
21世紀是中華民族實現全面復興的偉大時代，面對新世紀的挑戰和機遇，院校確立了將院校建成國際化的研究型醫學機構，將院校建成國家級醫學科學知識創新工程體系的戰略發展目標。協和人堅信，在通過幾代協和人同心同德、開拓創新、與時俱進的共同努力，有能力實現自己的宏偉目標，有能力為祖國的醫學科學事業和高等醫學教育事業做出更大貢獻！
