為貫徹落實習近平總書記“抓住機遇、迎難而上，努力把中國醫學科學院建設成為我國醫學科技創新體系的核心基地”重要指示精神，加強對我國醫學科技創新體系及核心基地建設的智力支撐，中國醫學科學院于2019年8月成立了學術咨詢委員會。學術咨詢委員會下設臨床醫學部、口腔與頜面醫學部、群醫學及公共衛生與環境科學部、醫學社會科學及人文學部、藥學部、醫學生命科學部、醫學工學理學與信息學部七個學部，聘任在醫學衛生健康領域取得杰出成就、享有卓著聲譽，“真具品格、真有學問、真能咨詢”的杰出專家擔任中國醫學科學院學術咨詢委員會學部委員。
中國醫學科學院學術咨詢委員會學術咨詢委員會以建設忠于黨和人民、有力推動國家醫學科技進步的學術咨詢機構為目標，不僅承擔著推動國家醫學科技創新體系核心基地建設，更承擔著為國家為行業發展謀劃的重大使命和責任。其主要職能包括：一是針對國家醫學衛生健康事業發展中的重大問題，特別是國家醫學科技創新體系及核心基地建設中的重點、難點、疑點問題，研究提出咨詢建議；二是承擔中國醫學科學院醫學與健康科技創新工程項目、醫學科技創新體系建設、人才隊伍建設和發展規劃編制等重大事項的立項咨詢、學術評價等工作；三是接受有關方面委托，對重大醫學科技發展規劃、計劃、方案及其實施提供咨詢與評估等。
中國醫學科學院學術咨詢委員會在國家衛生健康委員會的指導下，本著“集賢集智集識求科學正途，為醫為國為民謀人道福祉”的宗旨，在各位學術咨詢委員會學部委員的大力支持和共同努力下，不斷完善組織體系，加強制度建設，組織召開中國醫學發展大會，設立《由心講堂》高端學術交流平臺，發布《中國21世紀重要醫學成就》及《中國醫學年度重要進展》，針對醫學衛生健康事業發展中的重點、難點問題，發揮戰略咨詢高端智庫作用，為積極推進國家醫學創新體系及核心基地建設和醫學衛生健康事業高質量發展提供強有力的智力支撐。
